Ja. Die Dateien mancher Programme sollten nicht synchronisiert werden, besonders nicht zur Laufzeit des Programms. Bisher bekannt sind:

• Web Confidential 4.0
• Citavi
• EndNote

Generell sollten Benutzerdateien synchronisiert werden und keine Programmdateien, d.h. Dateien, die nicht durch den Benutzer erstellt wurden sondern durch eine Anwendung selber verwaltet werden. Dazu gehören z.B Datenbank und Mailboxdateien. Dateien, die durch den Benutzer erstellt werden, können problemlos synchronisiert werden, also z.B. Text- und Bilddateien.